Pótselejtezők: Tíz csapat kapott lehetőséget a pótvizsgára, hat Európa, egy Óceánia, egy Dél-Amerika, egy Ázsia, egy pedig a CONCACAF-zóna képviseletében. Az öt pároscsata győztese jogosult a világbajnoki részvételre.
Európa: A nyolc csoportelső és a két legjobb csoportmásodik közvetlenül jutott ki a világbajnokságra. A további hat csoportmásodik három párban, oda-visszavágós rendszerben döntötte el, hogy még melyik három válogatott csatlakozhatott a vb-mezőnyhöz. Németország rendezőként, selejtező nélkül résztvevője a tornának, így Európát összesen 14 ország képviseli.
Dél-Amerika: A kontinentális szövetség tíz országa körmérkőzéses torna formájában küzdött a vb-indulásért. A 18 forduló után a legjobb négy válogatott automatikusan kijutott Németországba, az ötödik (Uruguay) pótselejtezőt játszott az óceániai zóna győztesével (Ausztráliával), melyet elveszített. A kontinenst így négy ország képviseli a 2006-os tornán.
Afrika: Az oda-visszavágós előselejtező után versenyben maradt 30 válogatott öt darab hatos csoportban folytatta a küzdelmeket. Minden csoportból a csoportgyőztes jutott el Németországba, azaz a fekete földrészt öt válogatott képviseli a vb-n. A vb-selejtező egyben kvalifikáció volt a 2006-os kontinensbajnokságra is.
Ázsia: Az oda-visszavágós előselejtező után a 32 válogatott nyolc darab négyes csoportban küzdött tovább a vb-indulásért. A csoportelsőket a második szakaszban két négyes csoportba sorsolták, ahonnan az első két-két válogatott szerzett jogott egyenes ágon a vb-részvételre. A csoportok harmadik helyezettjei (Bahrein és Üzbegisztán) találkoztak egymással, a párharc győztese (Bahrein)pedig interkontinentális selejtezőt vívott a CONCACAF-zóna negyedik helyezettjével (Trinidad és Tobagóval), amelyet elveszített. Ázsiát így végül négy válogatott képviseli a világbajnokságon.
Észak- és Közép-Amerika: A CONCACAF-zónában szintén két kör előselejtezővel kezdődött a kvalifikáció, majd a 12 versenyben maradt válogatott három csoportban folytatta a küzdelmeket. Mindhárom csoportból az első két-két helyezett került a zónadöntőbe, ahol minden válogatott kétszer találkozott valamennyi riválisával. Az első három helyezett vb-induló, a negyedik helyezett válogatott (Trinidad és Tobago) pedig pótselejtezőt játszott egy ázsiai válogatottal (Bahreinnel), amelyet megnyert. A térségnek így végül négy reprezentánsa lesz Németországban.
Óceánia: A tíz válogatott két ötös csoportban kezdte a selejtezőt, majd a legjobb hat folytathatta a zónadöntőben. A két első helyezett, Ausztrália és a Salamon-szigetek párosmérkőzést vívott egymással, amelyet követően eldőlt, hogy a Socceroos meccselhet Dél-Amerika ötödik helyezettjével, Uruguayjal. Ausztrália végül sikerrel vette az utolsó akadályt, így kijutott a vb-re.
